许多农产品公司对税务不是很了解，现根据注册公司多年的工作经验总结：销售免税农产品，其年应税销售额超过一般纳税人认定标准，可以向税局申请增值税一般纳税人资格认定，但不能开具增值税专用发票

（1）根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条规定，农业生产者销售的自产农产品免征增值税；

（2）根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第三十五条规定，条例第十五条规定的部分免税项目中农业，是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业；农业生产者，包括从事农业生产的单位和个人；农产品，是指初级农产品，具体范围由财政部、国家税务总局确定；

（3）根据《增值税一般纳税人资格认定管理办法》（国家税务总局令第22号）规定，增值税纳税人年应税销售额超过财政部、国家税务总局规定的小规模纳税人标准的，除本办法第五条规定外，应当向主管税务机关申请一般纳税人资格认定；

该《管理办法》规定，本办法所称年应税销售额，是指纳税人在连续不超过12个月的经营期内累计应征增值税销售额，包括免税销售额；

（4）根据《中华人民共和国增值税暂行条例》规定，销售货物或者应税劳务适用免税规定的，不得开具增值税专用发票；

（5）根据国家税务总局《关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发〔2006〕156 号）第十条规定，销售免税货物不得开具专用发票，法律、法规及国家税务总局另有规定的除外。

因此，按照上述规定，该企业销售免税农产品，年应税销售额超过一般纳税人认定标准，应当向其主管税务机关申请一般纳税人资格认定，但销售免税农产品不得开具增值税专用发票。